siRNA是一種小RNA分子（~21-25核苷酸）,，由Dicer（RNAase Ⅲ家族中對(duì)雙鏈RNA具有特異性的酶）加工而成,。siRNA 是siRISC的主要成員,，激發(fā)與之互補(bǔ)的目標(biāo)mRNA的沉默,。越來越多的研究人員開始采用小分子干擾RNA（small interfering RNAs,，siRNAs ）來抑制特定的哺乳動(dòng)物基因表達(dá),。siRNA 是一種短片斷雙鏈RNA分子,，能夠以同源互補(bǔ)序列的mRNA為靶目標(biāo)降解特定的 mRNA,，這個(gè)過程就是RNA干擾途徑（RNA interference pathway）。

siRNA化學(xué)合成

      盡管化學(xué)合成是最貴的方法,，但是卻是最方便的一種方法,。其主要的缺點(diǎn)包括價(jià)格高，定制周期長(zhǎng),，特別是有特殊需求的,。由于價(jià)格比其他方法高，為一個(gè)基因合成3—4對(duì)siRNAs 的成本就更高了,，比較常見的做法是用其他方法篩選出最有效的序列再進(jìn)行化學(xué)合成,。

      最適用于：已經(jīng)找到最有效的siRNA 的情況下，需要大量siRNA 進(jìn)行研究,；

      不適用于：篩選siRNA 等長(zhǎng)時(shí)間的研究,，主要原因是價(jià)格因素,。

 
 siRNA表達(dá)載體

        多數(shù)的siRNA 表達(dá)載體依賴3種RNA聚合酶III 啟動(dòng)子(pol III)中的一種，操縱一段小的發(fā)夾siRNA 在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的表達(dá),。這3類啟動(dòng)子包括大家熟悉的人源和鼠源的U6啟動(dòng)子和人H1啟動(dòng)子,。之所以采用RNA pol III啟動(dòng)子是由于它可以在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中表達(dá)更多的小分子RNA，而且它是通過添加一串（3到6個(gè)）U來終止轉(zhuǎn)錄的,。要使用這類載體,，需要訂購(gòu)2段編碼短發(fā)夾RNA序列的DNA單鏈，退火,，克隆到相應(yīng)載體的pol III 啟動(dòng)子下游,。由于涉及到克隆，這個(gè)過程需要幾天的時(shí)間,，同時(shí)也需要經(jīng)過測(cè)序以保證克隆的序列是正確的,。不過幸好載體容易大量擴(kuò)增，這個(gè)優(yōu)點(diǎn)足以彌補(bǔ)所有缺陷,，特別是當(dāng)載體在實(shí)驗(yàn)中確實(shí)有效的時(shí)候,。毫無疑問，siRNA 表達(dá)載體的優(yōu)點(diǎn)在于這是眾多方法中唯一可以進(jìn)行長(zhǎng)期研究的方法——帶有抗生素標(biāo)記的載體可以在細(xì)胞中持續(xù)抑制靶基因的表達(dá),，持續(xù)數(shù)星期甚至更久,。即使是對(duì)轉(zhuǎn)染帶有篩選標(biāo)記質(zhì)粒的細(xì)胞進(jìn)行瞬時(shí)篩選，也有助于富集帶質(zhì)粒的細(xì)胞,。這也可以幫助解決一些難轉(zhuǎn)染的細(xì)胞由于轉(zhuǎn)染效率低造成的問題,。