siRNA是一種小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中對雙鏈RNA具有特異性的酶）加工而成,。siRNA 是siRISC的主要成員，激發(fā)與之互補的目標mRNA的沉默,。越來越多的研究人員開始采用小分子干擾RNA（small interfering RNAs,，siRNAs ）來抑制特定的哺乳動物基因表達。siRNA 是一種短片斷雙鏈RNA分子,，能夠以同源互補序列的mRNA為靶目標降解特定的 mRNA,，這個過程就是RNA干擾途徑（RNA interference pathway）。

siRNA化學合成

      盡管化學合成是最貴的方法,，但是卻是最方便的一種方法,。其主要的缺點包括價格高，定制周期長,，特別是有特殊需求的,。由于價格比其他方法高，為一個基因合成3—4對siRNAs 的成本就更高了,，比較常見的做法是用其他方法篩選出最有效的序列再進行化學合成,。

      最適用于：已經找到最有效的siRNA 的情況下，需要大量siRNA 進行研究,；

      不適用于：篩選siRNA 等長時間的研究,，主要原因是價格因素。

 
 siRNA表達載體

        多數的siRNA 表達載體依賴3種RNA聚合酶III 啟動子(pol III)中的一種,，操縱一段小的發(fā)夾siRNA 在哺乳動物細胞中的表達,。這3類啟動子包括大家熟悉的人源和鼠源的U6啟動子和人H1啟動子。之所以采用RNA pol III啟動子是由于它可以在哺乳動物細胞中表達更多的小分子RNA,，而且它是通過添加一串（3到6個）U來終止轉錄的,。要使用這類載體，需要訂購2段編碼短發(fā)夾RNA序列的DNA單鏈,，退火,，克隆到相應載體的pol III 啟動子下游。由于涉及到克隆,，這個過程需要幾天的時間,，同時也需要經過測序以保證克隆的序列是正確的。不過幸好載體容易大量擴增,，這個優(yōu)點足以彌補所有缺陷,，特別是當載體在實驗中確實有效的時候。毫無疑問,，siRNA 表達載體的優(yōu)點在于這是眾多方法中唯一可以進行長期研究的方法——帶有抗生素標記的載體可以在細胞中持續(xù)抑制靶基因的表達,，持續(xù)數星期甚至更久。即使是對轉染帶有篩選標記質粒的細胞進行瞬時篩選,，也有助于富集帶質粒的細胞,。這也可以幫助解決一些難轉染的細胞由于轉染效率低造成的問題,。