您是否有這樣的困惑,?
老是重復不出文獻里的細胞實驗數據!
是否有這種不太喜歡的經歷,?
細胞實驗結果總是不達預期,?
甚至連自己也無法重復曾經做過的細胞實驗結果!
面對這些問題,您是否懷疑過您用的細胞或者文獻里用的細胞不是真的該細胞,!
不是真的該細胞,!
據統(tǒng)計,現(xiàn)在有大約30%的細胞系污染有別的細胞,,或者被錯誤辨識(就是本來是A細胞,,卻被當著B細胞在使用)。被污染或錯誤辨識的細胞導致結果不可重復,,或者結論錯誤,。由此導致浪費了自己大量的時間,金錢,,甚至被同行看輕......
包括Nature,、Science等著名雜志,以及ATCC,、NIH等機構都呼吁科研人員對細胞進行鑒定。現(xiàn)在,,越來越多的雜志在投稿時要求撰稿人提供細胞STR分析數據,。
STR(Short tandem repeats,短串聯(lián)重復序列),,顧名思義,,指短的(核心序列一般是2-6個堿基),連成串的,,重復序列,。分布廣泛(廣泛分布于人和哺乳動物基因組,約占人類基因組序列的3%),,串聯(lián)的堿基重復次數不同而具有高度的多態(tài)性,。
如:CACACACA、AATGAATGAATG等
現(xiàn)在,,STR已被ATCC等機構作為細胞鑒定的金標準,。
STR分型分為四步:
一、DNA提取
可用市面上商業(yè)化的DNA提取試劑盒進行,??偟脑瓌t是:提取的DNA純度要高,無蛋白,、RNA,、脂類、糖類等污染,;提取的DNA完整,,片段要長,無降解。
二,、PCR擴增
這一步,,要用PCR技術對目的片段進行擴增。這里常采用多重熒光PCR進行,。一種細胞在一個基因位點上與別的細胞相似的幾率較大,,但同時在幾個至幾十個位點相似的幾率就極小。因此,,這里會對多個位點進行擴增,,常常采用多重PCR進行。
普通PCR一般采用1對引物擴增1個目的片段,,這里要對多個位點進行擴增,,就需要設計多對引物。并且要注意引物擴增片段的長短,,引物之間不能有相互作用,,各對引物的退火溫度要趨于一致。如果采用熒光標記,,一般將熒光染料標記在目標序列其中一條引物的5’端,,并且產物長度相同的片段的引物要標記不同顏色熒光。一般目的片段長度相差10bp以上的可以標記相同的熒光,。為了避免熒光干擾,,所用熒光染料的發(fā)射波長也要相差越大越好。
三,、電泳
電泳可以采用PAGE,,再銀染。現(xiàn)在,,多重熒光PCR后常采用毛細管電泳進行,。毛細管電泳具有效率高,自動化程度高,,易于分析等優(yōu)點,。其由電源、熒光光源,、檢測器,、進樣裝置、電泳裝置,、電腦等構成,。
這里一般采用毛細管凝膠電泳,當多重熒光PCR產物通過進樣端進入到毛細管中后,,變性的DNA在電泳中,,DNA片段從小到大,依次通過位于正極的檢測器。在這里,,熒光染料受到激發(fā),,發(fā)出的光按強度被記錄下來。根據各片段通過的時間和熒光強度和顏色制成圖譜,。
四,、數據分析
將未知細胞的圖譜與以同樣方式等到的確定的基因Ladder相比較,從而得到未知樣品的分型,。在STR分型圖譜中,,一個基因位點上為單峰,表示是純合子,;雙峰表示雜合子,;如果出現(xiàn)3個及以上的峰,表示有交叉污染或是有多倍體,。峰越高表示該片段含量越多,。在同一個位點上,出現(xiàn)在前面的峰,,其片段長度短于后出現(xiàn)的峰,。
拓普生物采用除包括ATCC檢測的8個STR和1個性別決定位點外,還增加了12個位點 ,,共檢測21個STR位點。
STR分型圖譜示例: